對于熒光顯微鏡，樣品會發光。怎么樣？通過向樣本中添加染料分子。該染料分子吸收光能時通常會被激發，因此它會釋放出任何捕獲的能量作為光。被激發的分子釋放的光能與其輻射光相比具有較長的波長。染料分子通常是熒光染料，當暴露于特定特定波長的光時會發出熒光。所形成的圖像是來自發射光的熒光染料標記的圖像

該工作機制背后的原理是熒光顯微鏡將標本暴露于紫外線或紫外光或藍光，從而形成由熒光發出的標本圖像。他們有一個汞蒸氣弧光燈，產生強烈的光束，它穿過勵磁濾光片。激發濾光片的作用是將特定的波長透射到熒光染料染色的樣品上，從而產生熒光染料標記的圖像。

物鏡之后，有一個屏障過濾器，其作用主要是消除可能對觀察者的光線有害的任何紫外線輻射，從而降低圖像的對比度。

熒光顯微鏡的應用

• 用于可視化細菌因子，例如結核分枝桿菌。
• 通過用熒光染料標記抗體，用于鑒定免疫熒光技術中針對細菌抗原/病原體產生的特異性抗體。
• 用于生態研究，以識別和觀察被熒光染料標記的微生物
• 它也可以通過經過特殊污漬處理時發出的顏色來區分死細菌和活細菌

除了上面討論的顯微鏡外，還有一種不常用的顯微鏡??稱為微分干涉對比顯微鏡。它與相襯顯微鏡非常相似，在該相襯顯微鏡中，圖像是由光線偏離或不偏離而形成的。區別在于，這里有兩束光發射到樣品上并由棱鏡聚焦。一束光束穿過棱鏡到達樣品，而另一束光束穿過沒有樣品的載玻片透明區域。然后，這兩個光束合并并彼此干涉以形成圖像。它可用于查看未染色標本的細胞結構，例如內生孢子，細菌細胞壁，細胞核和顆粒。